Son élection du vivant de son prédécesseur fit naître dans l’Église de Syrie un schisme qui ne fut éteint que sous Innocent 1er.
Flavien plaida auprès de Théodose 1er en faveur des habitants de sa métropole, qui, dans une sédition, avaient renversé les statues de l’empereur et de l’impératrice, et il obtint leur grâce.
Saint Jean Chrysostome a conservé le discours qu’il prononça à cette occasion.
Flavien mourut en 404.
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