Il succéda à son impopulaire frère aîné François 1er de Médicis mort empoisonné.
Quatrième fils de Cosme 1er de Médicis et d’Éléonore de Tolède, fille de Don Pedro Alvarez de Tolède, le vice-roi espagnol de Naples. Il fut nommé cardinal en 1562 à l’âge de 14 ans et succéda à son frère François 1er de Médicis, grand-duc de Toscane, en 1587 à l’âge de 38 ans. À Rome, en tant que cardinal, il avait déjà fait preuve d’une habile qualité d’administrateur.
Il y fonda la Villa Médicis, pour laquelle il acquerra beaucoup d’œuvres d’art qu’il rapporta ensuite à Florence lors de son ascension au trône de Grand-duc de Toscane. Il garda son titre de cardinal, même après être devenu Grand-duc, et ce, jusqu’en 1589, où il épousa Christine de Lorraine pour des raisons dynastiques. À sa mort, en 1609, l’aîné de ses 4 fils, Cosme II de Médicis, hérita de la couronne de grand-duc à l’âge de 19 ans. Claude, une de ses quatre filles, épousa Frédéric Ubaldo della Rovere, Duc d’Urbino.
À beaucoup d’égards, Ferdinand 1er était l’opposé de son frère, François 1er de Médicis, qui l’a précédé. Accessible et généreux, régnant de manière douce, il a rétabli un système de justice et s’est véritablement préoccupé du bien-être de ses sujets. Sous son règne, la Toscane a retrouvé l’indépendance que son frère avait abandonnée.
Il encouragea le commerce et il accumula une grande fortune grâce aux banques des Médicis, implantées à travers les plus grandes villes d’Europe.
Il proclama un édit de tolérance envers les Juifs et les hérétiques, et Livourne devient un asile pour les Juifs espagnols, expulsés d’Espagne en 1492, ainsi que tous les étrangers persécutés. Il accueillit à sa cour Robert Dudley, fils naturel du défunt comte de Leicester, véritable expert naval qui fit du port de Livourne l’arsenal le plus moderne de toute la Méditerranée. Ferdinand améliora le port Cosimo et fit construire un canal appelé le Naviglio en déviant une partie des eaux de l’Arno, ce qui facilita grandement le commerce entre Florence et Pise. Il a favorisé un projet d’irrigation dans le Val di Chiana, qui a permis de cultiver les terres autour de Pise et de Fucecchio et dans le Val di Nievole.
Sa politique étrangère tendait à libérer la Toscane de la domination espagnole notamment en se rapprochant de la France. En 1589, après avoir renoncé à la pourpre, il épousa une nièce du roi Henri III de France, la princesse Christine de Lorraine, fille du duc Charles III de Lorraine et de la feue Claude de France à l’occasion de festivités somptueuses. La princesse était la petite-fille préférée de la cousine du grand-duc, la reine de France Catherine de Médicis.
Après l’assassinat d’Henri III de France en 1589, Ferdinand 1er soutient Henri IV de France dans sa lutte contre la ligue catholique. Il prête également de l’argent au Roi et l’encourage à se convertir au catholicisme. Ferdinand jouera de son influence pour forcer le Pape à accepter la conversion d’Henri IV.
Malgré toute cette sollicitude, Henri IV n’a jamais récompensé le Grand-duc pour ces services, et Ferdinand 1er s’est donc reconcentré sur son indépendance tant aimée. Il a néanmoins soutenu Philippe III d’Espagne dans sa campagne en Algérie et le Saint Empire romain germanique dans sa lutte contre les Turcs. Il a aussi obtenu l’investiture formelle de Sienne, que son père avait conquise et il a fortement développé la flotte toscane, qui a obtenu des victoires contre des pirates ainsi que sur la flotte turque.
À sa mort, en 1609, son fils aîné lui succède.
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