Fils de Jacques 1er de Goyon de Matignon, panetier du roi, et d’Anne de Silly, dame de Lonray, fille de Jacques-François de Silly, chevalier de Silly. Le 2 mai 1558, il épouse Françoise de Daillon du Lude, fille aînée de Jean II de Daillon, comte du Lude, gouverneur de Poitou et sénéchal de Rouergue et d’Anne de Batarnoy.
Entré fort jeune dans la carrière des armes, il a été de tous les combats sous le roi Henri II. Il fit ses premières armes à la conquête des Trois-Évêchés (Metz, Toul et Verdun) en 1552, et à la bataille de Saint-Quentin, où il fut fait prisonnier.
En 1559, Catherine de Médicis lui fit donner la lieutenance générale de la Basse-Normandie. Gouverneur d’Alençon en 1561, il s’est interposé entre les catholiques et les protestants de la ville. Pendant les guerres de Religion, il sut toujours maintenir l’autorité royale contre les factieux, et se fit estimer des catholiques qu’il commandait, et des protestants qu’il combattait avec succès, mais sans cruauté. Pendant cette époque troublée, il lutta efficacement contre les armées protestantes. Charles IX l’avait prié de rétablir la paix en Normandie, ce qu’il fit. Il battit les Anglais devant Falaise en 1563 et se distingua aux combats de Jarnac et de Moncontour en 1569. Lors de la Saint-Barthélemy, il est l’un des rares gouverneurs à avoir exécuté avec fidélité les ordres de Charles IX en protégeant les protestants à Saint-Lô et à Alençon. Henri III le fait maréchal de France en 1579 pour avoir capturé Gabriel de Montgomery qui avait tué Henri II par accident lors d’une joute, puis chevalier de l’Ordre du Saint-esprit, qu’il venait de créer l’année précédente, en 1578.
Lorsqu’il fut nommé gouverneur de Guyenne en 1584, il eût à faire face à la Ligue. L’influence du Parlement de Bordeaux avait entraîné une partie du pays dans la Ligue. Le Maréchal de Matignon sut maintenir à Bordeaux l’autorité royale, mais les ligueurs, retranchés dans la citadelle de Blaye, désolèrent les rives de la Gironde pendant 5 ans après l’avènement de Henri IV au trône de France, et c’est seulement par composition que la place fut rendue au roi. En 1586 et 1587, il défit les huguenots en plusieurs rencontres, finit par se ranger aux côtés de Henri IV, au sacre duquel il remplit les fonctions de connétable.
Il a servi fidèlement, pendant une des périodes les plus pénibles de l’histoire de France, celle des guerres de religion, Henri II, Catherine de Médicis, François II, Charles IX, Henri III et enfin Henri IV.
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