Il naquit à Allington Castle. Fils unique de Sir Thomas Wyatt et d’Elizabeth Brooke, fille du 8ème Baron Cobham. Son père était un diplomate d’Henri VIII. Le Duc de Norfolk était son parrain. A 15 ans, il fut présenté à la Cour du roi. La même année, à la suite d’une querelle avec Charles Brandon, premier Duc de Suffolk, son père fut emprisonné sous l’accusation mensongère d’adultère avec la Reine Anne. La Reine fut décapitée, mais le vieux Wyatt fut libéré. Il fut à nouveau emprisonné en 1541, et ne fut relâché que grâce à l’intervention de la Reine Catherine Howard. Thomas, lui, épousa Jane Hawte, fille et co-héritière de Sir William Hawte de Bishopsbourne, de qui il eut plusieurs enfants.
Il accompagna son père pour une mission en Espagne, et ce qu’il y vit, notamment les pratiques de l’Inquisition Espagnole, en firent un ennemi de ce pays . A la mort de son père, en 1542, il hérita de Allington Castle et de l’Abbaye de Boxley. Il devint un proche compagnon du Comte de Surrey, le fils du Duc de Norfolk, et en 1543, ils furent arrête pour avoir cassé des fenêtres à Londres alors qu’ils étaient tous deux éméchés. Il fut jugé par le Conseil Privé et emprisonné à la Tour de Londres. L’Angeterre était alors en guerre avec la France, au côté de l’Empereur Charles Quint. A sa libération, Wyatt rejoignit les troupes anglaises qui combattaient dans les Flandres, gagnant ainsi une précieuse expérience militaire. En 1543, il prit part au siège de Landrecies, et les années suivantes il participa au siège de Boulogne. Il fut récompensé de ses services, et fut fait chevalier en 1547. Il demeura à l’étranger jusqu’en 1550.
De retour à Alligton, il vécut tranquillement jusqu’à la mort d’Edouard VI en 1553, où il participa à la tentative avortée du Duc de Northumberland de mettre Lady Jane Grey sur le trône à la place de Marie Tudor. Il échappa au châtiment de la Reine Marie. Il ne prit plus part à la vie politique jusqu’aux fiançailles de Marie avec Philippe d’Espagne. Il entra alors dans une conspiration destinée a empêcher Marie Tudor d’épouser Philippe II d’Espagne en 1554 La rébellion avait pour but de faire monter Élisabeth 1ère d’Angleterre sur le trône.
Il réussit à soulever le comté de Kent, et la rébellion s’étendit rapidement, mais elle échoua à Londres même. Il fit sa reddition et fut condamné à mort. On lui offrit la vie sauve s’il consentait, par ses aveux à compromettre la sœur de la reine, la future Elisabeth 1ère, mais il refusa et fut exécuté le 11 avril 1554.
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