Il exerce le commandement des Mèdes, des Cadusiens, des Albaniens du Caucase et des Saces à la bataille de Gaugamèles en 331 av. jc, au nom de Darius III, mais il se rallie ensuite à Alexandre le Grand.
Après la mort de Darius III, il devient satrape du nord de la Médie, pour le compte d’Alexandre le Grand avec le soutien de son gendre Perdiccas marié à sa fille aux noces de Suse en 324 av. jc.
Cette satrapie se nomme dès lors Médie-atropatène et correspond approximativement à l’Azerbaïdjan iranien actue. Atropatès garde sa satrapie après la mort d’Alexandre et le partage de Babylone en 323 av. jc, et fonde une dynastie dans la partie nord de l’Iran, appelée d’après son nom Atropatène, qui, profitant des guerres des diadoques, se rend pratiquement indépendante. Ce royaume continue à exister jusqu’à l’époque de Strabon.
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