Né à Weil-der-Stadt dans le Würtemberg, son grand-père paternel, Sebald Kepler, était un artisan respecté qui servi comme maire de la ville, son grand-père maternel, Melchior Guldenmann, était un aubergiste et maire du village voisin d’Eltingen. En 1584 il est entré au séminaire protestant à Adelberg, et en 1589 il commença ses études à l’Université de Tubirgen et enseigna ensuite les mathématiques à Graz en Autriche. En 1600, un édit l’en chassa bientôt en raison de sa religion protestante, et il succéda en 1601 à Tycho Brahe à Prague comme astronome de Rodolphe II jusqu’en 1612. L’empereur Mathias le nomma mathématicien de la Haute-Autriche avec résidence à Linz, poste qu’il garda sous Ferdinand II.
En 1604 il édita “d’Astronomia Optica” ou "la partie optique de l’astronomie" ; En 1606 il édita “De Stella Nova” ou "Pour ce qui concerne la nouvelle étoile" apparue en 1604. En 1609 son “Astronomia nova” ou "nouvelle astronomie". En 1610 ayant eu connaissance des découvertes de Galilée, il composa une longue lettre d’appui qu’il édita nommé “Dissertatio cum Nuncio Sidereo” ou"conversation avec le messager sidéral", et lorsqu’il obtint l’utilisation d’un télescope approprié, il édita ses observations des satellites de Jupiter sous le titre de “Narratio de Observatis Quatuor Jovis Satellitibus” ou "récit de 4 satellites de Jupiter observés".
En 1615-1616 il y eu une chasse aux sorcières dans sa région, et sa propre mère fut accusée. Sa défense fut conduite par Johannes. Il quitta Linz en 1626.
Malgré ses hautes protections officielles, la situation financière de Kepler était précaire, et il mourut à Ratisbonne épuisé par la fatigue et la misère.
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