Né à Abrantes [1], fils naturel du roi Jean II du Portugal. Il devient en 1509, 2ème duc de Coimbra [2] et maître des Ordres militaires portugais d’Aviz [3] et de Santiago.
Après la mort du prince héritier Alphonse du Portugal, le roi Jean II tente de nommer ce fils naturel comme héritier du royaume mais la ligne légitime est maintenue avec le 4ème duc de Beja, cousin du roi, qui deviendra roi sous le nom de Manuel 1er en 1495.
Son nom de famille, Lancastre tire son origine de son arrière-grand-mère, Philippa de Lancastre, épouse de Jean 1er, roi du Portugal et fille de Jean de Gand, duc de Lancastre.
Il épouse Béatrice de Vilhena Portugal de Mello, fille de Álvaro de Bragance et nièce de Ferdinand II, 3ème duc de Bragance.