Petit fils de Ferdinand 1er le Juste, fils de Jean II d’Aragon, et de Jeanne Enríquez, Ferdinand devint l’héritier des possessions de la couronne d’Aragon à la mort de son demi-frère Charles de Viane en 1461. Il fut marié en octobre 1469 à l’infante Isabelle de Castille et ce mariage réalisa l’union personnelle des 2 royaumes. Cette union de la Castille et de l’Aragon préluda à l’unification de la péninsule Ibérique.
Les conceptions politiques des deux monarques étaient très proches. Tous deux se montrèrent, en effet, soucieux de renforcer l’autorité monarchique et de limiter le pouvoir des nobles. Ces derniers avaient usurpé à la Couronne de nombreux privilèges et charges. Ferdinand préféra donc s’entourer de fonctionnaires issus de la bourgeoisie plutôt que de la noblesse.
Avec l’aide de l’inquisition établie en 1480, ils oeuvrèrent à l’unification religieuse. Le couple Royal reçut le titre de Rois des Catholiques du Saint Siège par le pape Alexandre VI.
La prise de Grenade en 1492, chassa d’Espagne le dernier royaume musulman. La même année, Ferdinand II procéda à l’expulsion des juifs d’Espagne. Il parraina ensuite, avec la reine Isabelle, le premier voyage de Christophe Colomb vers l’Amérique. Cette expédition marqua le début de l’Empire colonial espagnol outre-mer.
A la suite des victoires de Gonzalve de Cordoue, Ferdinand devint roi de Naples en 1504. A la mort d’Isabelle, en 1504, sa fille, l’infante Jeanne, dite Jeanne la Folle, hérita théoriquement des domaines catalans. L’époux de Jeanne, l’archiduc Philippe le Beau, fils de Maximilien 1er, refusa de reconnaître le testament d’Isabelle qui donnait à Ferdinand la régence de Castille. Mais la mort inopinée de Philippe le Beau en 1506, et la démence de Jeanne permirent à Ferdinand de reprendre le pouvoir en Castille et d’y renforcer l’absolutisme.
Il acquit le Roussillon et la Cerdagne. Il se joignit à la Ligue de Cambrai contre la République de Venise en 1508, et conquit Oran et Tripoli, sur la côte nord-africaine, en 1509. En 1512, il annexa la Navarre, étendant ainsi son royaume des Pyrénées au Rocher de Gibraltar.
Son petit fils Charles de Habsbourg lui succéda sous le nom de Charles V ou Charles Quint.
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