Fils du roi de Portugal Sanche 1er, Infant de Portugal et comte de Flandre et de Hainaut de 1212 à 1233 par son mariage avec la comtesse Jeanne de Constantinople. il épouse le 1er janvier 1212, avec l’accord de Philippe Auguste, la comtesse de Flandre Jeanne de Constantinople, nièce et pupille du roi de France.
Dès le début de son règne, il subit l’autorité de Philippe Auguste qui a arrangé lui-même le contrat de mariage, en plaçant les villes d’Aire et de Saint-Omer, voisine de l’Artois royale, dans l’apanage de son fils aîné Louis.
Retenu prisonnier à Péronne le temps que le prince Louis occupe ces villes, le couple peut enfin penser faire son entrée à Gand, mais les Gantois leur ferment leur porte, car ils considèrent que leur comtesse a été vendue à Fernand par Philippe Auguste. Un traité est finalement signé à Pont-à-Vendin le 25 février 1212, par lequel Fernand et Jeanne cèdent à Louis de France Aire et Saint-Omer, comme droits de sa mère Isabelle de Hainaut, mais en échange de quoi le futur Louis VIII renonce à émettre des prétentions sur la Flandre. Peu après, le couple fait enfin son entrée à Gand, les habitants acceptent de leur payer une somme à titre de compensation du préjudice subi. Les comtes accordent à la ville une nouvelle organisation municipale par l’élection annuelle des échevins.
Il ne répond que conditionnellement à l’appel féodal du roi de France contre Jean sans Terre en 1212, avec lequel il passe une alliance offensive et défensive, les approvisionnements flamands de laine se faisant essentiellement en Angleterre. Il veut monnayer le retour de Saint-Omer et d’Aire et refuse un dédommagement. Philippe Auguste retourne alors l’ost contre le comte de Flandre et envahit ses états le 22 mai 1213, Cassel, Ypres et tout le pays jusqu’à Bruges sont pris, Gand est assiégée. Il appelle au secours son allié qui lui envoie le comte de Salisbury, accompagné de Renaud de Dammartin, brouillé avec le roi de France. L’expédition anglaise débarque à Damme, où il jure fidélité au roi Jean, mais doit se replier, le roi détruit le port, puis prend Lille et finalement Gand.
Il doit alors se réfugier sur l’île de Walcheren, en Zélande, terre impériale. Les troupes françaises se retirent et, après un échec devant le château d’Erquinghem, tenu par le châtelain de Lille, et un autre devant Lille même, le comte reprend Gand, investit Tournai, traditionnellement fidèle aux Lys, et fait finalement son entrée à Lille, dont les habitants, débarrassés de la faible garnison française, lui ont ouvert chaleureusement leurs portes. Mais le roi réapparaît, reprend Lille et, de rage, la détruit en grande partie déportant ses habitants, les marquant du signe des esclaves, le comte, malade, n’a eu que le temps de s’enfuir parmi les flammes. Il s’enfuit alors en Angleterre auprès du roi Jean, accompagné de divers chevaliers flamands en 1213. Se forme alors la coalition des Flamands de Fernand, des Anglais de Jean sans Terre et des Allemands de l’empereur Otton IV de Brunswick. La campagne est placée sous les ordres d’Otton et de Fernand.
Au début de 1214, le prince Louis s’empare de Bailleul et de Steenvoorde. Fernand, quant à lui, revenu en Flandre, ravage l’Artois et de comté de Guînes, prend Saint-Omer et Hesdin. Louis est rappelé en France pour combattre Jean sans Terre qui s’est emparé du Poitou et marche sur Angers. Mais le roi d’Angleterre est battu à La Roche aux Moines et doit se replier. Cependant, Otton était arrivé à Valenciennes, avec le duc de Brabant, les comtes de Namur et de Limbourg, alors que Philippe Auguste levait l’oriflamme à Saint-Denis et mettait en branle l’ost à Péronne. La rencontre des 2 armées a lieu à Bouvines, le dimanche 27 juillet 1214. C’est une défaite pour les coalisés, épuisé, Fernand se rend à Hugues de Marcuit, Otton s’enfuit.
Enchaîné, transporté en cage jusqu’à Paris, il est enfermé dans les cachots du Louvre. Il n’en sort que le 6 janvier 1227 après que Blanche de Castille a reçu la moitié de la rançon de 50 000 livres exigée pour sa liberté et réunie par Jeanne. Il doit laisser en gage les villes de Douai, Lille et L’Écluse dans l’attente du paiement du reste de la rançon. Il doit également jurer fidélité au roi.
Il reste dès lors fidèle à ce serment. Lors de la révolte de Pierre Mauclerc et des grands barons contre Blanche de Castille, il reste fidèle à la régente, pour qui il combat lors des premières opérations de la guerre, avant de s’aventurer en Namurois, où il prétend au siège comtal, dont l’empereur l’a investi. Il s’empare de quelques villes, mais après l’entremise du comte de Boulogne, un traité est signé à Cambrai en 1232. Henri de Vianden, époux de Marguerite de Courtenay Namur conserve le comté de Namur, tandis que Fernand reçoit les bailliages de Golzinne et de Vieux-lille, en attendant le retour du comte légitime, l’empereur de Constantinople Baudouin II de Courtenay.
Avec Jeanne, il renforce les communes, instituant notamment en 1228 de nouveaux échevinages à Gand, Ypres, Bruges et Douai, avec un nouveau mode d’élections. Il meurt à Noyon, malade de la gravelle.
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