C’est un pape qui se mêle de politique pour sa perte. Il prétend que son sacerdoce spirituel lui donne autorité sur les princes de ce monde. Philippe le Bel et ses juristes s’efforcent de lui démontrer qu’il a tord et le font même accuser d’hérésie (ils tenteront encore un procès après sa mort). Dans la bulle “Inefabilis Amor”, il écrit :"Qui peut récuser le jugement et la décision du St Siège qui a autorité sur tous les chrétiens ?" Il écrit dans la bulle Unam Sanctam que toute créature humaine est soumise au pontife romain" et fait ciseler une troisième couronne à sa tiare, symbolisant son pouvoir temporel.
Mais sa prétention de commander aux rois et aux princes va le mener à sa perte à l’issue d’un conflit avec Philippe le Bel. En 1296 Jacques de Molay responsable des jésuites prend parti pour le pape Boniface VIII contre Philippe le Bel.
le 10 août 1297, pour apaiser le conflit qui l’oppose au roi de France Boniface VIII autorise le clergé à verser le décime au roi de France, et canonise Louis IX, qui devient Saint Louis.
Brouillé avec Philippe le Bel, il se réfugie à Anagni. L’envoyé du roi, le juriste Nogaret, l’accuse d’hérésie et de simonie (commerce des biens de l’Église) et va même jusqu’à essayer de l’enlever. Boniface, ulcéré, va mourir quelques jours après. La cour de France obtiendra de son successeur Clément V l’ouverture d’un procès d’hérésie qui n’aboutira pas. On voit bien à quel point les souverains se sont dotés de structures laïques et juridiques qui leur permettent de s’affranchir de l’autorité de l’église, préfiguration des états modernes.
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