Le clergé du Languedoc faisant preuve d’inertie, n’osant pas entrer en conflit avec une population entière, le pape décida de donner les pleins pouvoirs à ses légats, sans que ceux-ci aient à en référer aux évêques locaux. Pierre de Castelnau et son associé Raoul n’auront désormais, de comptes à rendre qu’à Innocent III lui-même. Ces pouvoirs spéciaux seront accordés plus tard aux frères dominicains et c’est ainsi, que sera fondée la tristement célèbre institution connue sous le nom d’Inquisition. Le Saint-siège échoue à faire entendre raison à cette véritable contre Église.
Les missions n’ayant eu aucun effet en dépit de l’éloquence de Saint Dominique, Innocent III prononça en 1208 la déshérence de tous les fiefs méridionaux et appella à la croisade les nobles du Nord sous prétexte de l’assassinat du légat Pierre de Castelnau par un officier de Raymond VI, comte de Toulouse. Ils s’y ruent à la suite de Simon de Montfort. Les massacres se multiplièrent. Le 22 juillet 1209 à lieu le massacre de Béziers. L’immense armée, conduite par Simon de Montfort pour réduire l’hérésie cathare, est devant la ville depuis la veille. Les croisés ont exigé de l’évêque Renaud de Montpeyroux que 222 bourgeois hérétiques leur soient livrés pour que la ville soit épargnée. La ville refuse ces conditions. En ce 22 juillet, quelques soldats catholiques parviennent à forcer une porte. Les chevaliers se précipitent dans la brèche. Le massacre commence dans la ville que, selon un témoin, Pierre des Vaux de Cernay “rien ne peut sauver, ni croix ni autel, pas un seul en soit réchappé”. Aux croisés qui s’inquiètent de ne pouvoir distinguer les hérétiques de ceux qui ne le sont pas, Arnaud Amaury, abbé de Cîteaux, crie : “Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens.” Il y a au soir 7 000 morts dans Béziers. Puis, de nouveau la tuerie de Pujols en 1213, et la bataille de Muret en 1213. Contre les musulmans almohades d’Espagne, la belle victoire de Las Navas de Tolosa, le 16 juillet 1212, ouvre la voie à l’intolérance.
Après la mort de Raymond VI à Muret et celle de Simon de Montfort en 1218, leurs fils reprennent le flambeau. Le pape invite alors Philippe Auguste à y prendre part. Le roi refuse mais autorisera son fils Louis à intervenir militairement plus tard.
Cette intervention du roi Louis VIII et le traité de Paris le 26 février 1229 mettra un terme aux troubles religieux du Languedoc par l’annexion au domaine royal des terres de Nîmes, Beaucaire, Béziers et Carcassonne. Le mariage d’Alphonse de Poitiers, frère du roi Louis IX, avec Jeanne, fille de Raymond de Toulouse, est décidé.
Les terres conquises par Simon de Montfort seront rattachées à la Couronne, tandis que l’hérésie sera neutralisée par la prise de Montségur en 1244.
Après la chute de Montségur, la résistance cathare continue dans le Fenouillèdes, s’appuyant sur l’aérienne citadelle de Quéribus et sur quelques autres châteaux des Corbières, plus en retrait, les grandes places de Puylaurens et de Fenouillet épaulent la forteresse principale. L’ensemble constitue un groupement défensif des plus formidables à cette époque. Saint Louis ne négligera aucun effort pour s’en emparer. Quant aux derniers Cathares réfugiés dans ces places, on ne sait ce qu’ils sont devenus. Il est probable qu’ils ont eu la possibilité de s’enfuir avant l’arrivée des troupes royales.
le traité de Corbeil, conclu entre saint Louis et Jaime 1er, sanctionne l’état de fait imposé par la France avec la prise de possession des forteresses du Fenouillède. Les églises cathares du Languedoc ont probablement subsisté quelque temps, après la chute de leurs derniers points d’appui. Peut-être un petit nombre de personnes ont trouvé asile dans certains lieux fortifiés, le château d’Usson ou les spulgas du Sabarthès, par exemple. Mais il s’agit de cas isolés et de plus en plus rares. Beaucoup se retireront dans les lieux déserts, grottes, forêts, haute montagne. D’autres se cacheront chez des amis dévoués ou s’enfuirent en Italie. La plupart mourront peu à peu de misère et de privations, ou tomberont dans les griffes de l’Inquisition.
Avec la chute de Quéribus, l’Église termina pratiquement l’anéantissement d’une hérésie dangereuse pour elle, et l’unité française franchit une importante étape.
Pendant cette croisade fut conclu le 12 mars 1243 une trêve de 5 ans entre Louis IX et Henri III. Mais il faudra attendre Le 11 mai 1258 soit 15 ans plus tard, pour que le 2ème traité de Paris mette fin à la guerre et que le roi d’Angleterre reconnaisse être le vassal du roi de France pour ses possessions françaises que sont l’Anjou, la Normandie, la Touraine, le Maine et le Poitou. Par le traité de Montreuil signé le 19 juin 1299, Philippe IV le Bel rend au roi d’Angleterre Édouard 1er la Guyenne mais conserve la ville de Bordeaux. Pour sceller leur accord, il lui offre d’épouser sa sœur Marguerite et promet le mariage de sa fille Isabelle de France avec celui qui sera le roi Édouard II.
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