Au début de son règne Philippe Auguste mène d’abord une action armée puis une longue procédure pacifique pour obtenir de Philippe d’Alsace les territoires promis en dot à sa femme ou lui revenant par héritage, l’Amiénois, le Vermandois, l’Artois, puis le Valois. Ces provinces accroissent sensiblement le domaine royal, dont les possessions recouvraient essentiellement l’Île-de-France.

Puis la guerre contre l’Angleterre reprend. En 1199 à lieu la Condamnation de Jean sans Terre. En effet, l'héritage de Richard alla à son frère. Jean échoua dans une coalition de féodaux menée contre Philippe Auguste. Les deux souverains se réconcilièrent momentanément par le traité du Goulet en mai 1200 qui apportait au domaine royal Évreux et le Berry. Mais Philippe auguste renonça à ses droits sur la Bretagne.

Mais Jean commet 2 fautes graves, l’enlèvement de la fiancée du comte de la Marche et l’assassinat de son neveu Arthur de Bretagne dont Philippe va profiter. Refusant de répondre de ses actes devant la justice du roi, Jean se voit déchu de tous ses biens français en 1202. Fort de cette sentence, Philippe entreprend, les armes à la mains, la conquête de la Normandie, qui tombe après le siège mémorable de Château Gaillard en 1204, l’occupation de l’Anjou, du Poitou, du Maine et de la Saintonge. Par le mariage d’un membre de sa famille avec l’héritière de Bretagne, il affermit son pouvoir sur cette province.

En quelques années, l’empire Plantagenêt en France est démembré. De son royaume d’Angleterre, Jean ne s’avoue pas vaincu. Il tenta de reprendre sa revanche en formant contre Philippe Auguste une nouvelle coalition réunissant le comte de Flandre, le comte de Boulogne et l’empereur Otton IV de Brunswick en 1213. Jean et les coalisés sont écrasés en 2 batailles. La Roche aux moines, près d’Angers, remportée le 2 juillet 1214 par le prince Louis, fils du roi de France Philippe Auguste poussant le roi d’Angleterre Jean sans Terre à une retraite précipitée. Quelques jours plus tard, une nouvelle victoire française à Bouvines en Flandre, conduite par le roi lui-même, le 27 juillet sonne la fin du conflit entre le roi de France et son vassal anglais.

En 1216: le dauphin Louis VIII, débarque en Angleterre, prend Londres, est nommé roi d'Angleterre. Le 1er septembre 1217 est conclu le traité de Kingston. Quelques mois plus tôt, Blanche de Castille était intervenue auprès de son beau-père pour lui demander les sommes nécessaires au Dauphin, son mari, auquel des barons anglais en révolte contre Jean sans Terre avaient proposé le trône d’Angleterre. Elle en est presque arrivée au chantage en lui lançant cette menace : “J’ai de beaux enfants, par la Sainte Mère de Dieu ! Je les mettrai en gage, car je trouverai bien quelqu’un qui me prêtera dessus.” Ce à quoi Philippe II Auguste a répondu : “Gardez vos enfants et puisez à votre gré dans mon trésor.” Par le traité signé ce jour, Louis le futur Louis VIII, dauphin de France, fils de Philippe II Auguste, renonce au trône d’Angleterre contre la somme de 10 000 marcs. La couronne anglaise est aussitôt reprise par Henri III.

Le clergé du Languedoc faisant preuve d'inertie, n'osant pas entrer en conflit avec une population entière, le pape décida de donner les pleins pouvoirs à ses légats, sans que ceux-ci aient à en référer aux évêques locaux. Pierre de Castelnau et son associé Raoul n'auront désormais, de comptes à rendre qu'à Innocent III lui-même. Ces pouvoirs spéciaux seront accordés plus tard aux frères dominicains et c'est ainsi, que sera fondée la tristement célèbre institution connue sous le nom d'Inquisition. Le Saint-siège échoue à faire entendre raison à cette véritable contre Église. Les missions n'ayant eu aucun effet en dépit de l'éloquence de Saint Dominique, Innocent III prononça en 1208 la déshérence de tous les fiefs méridionaux et appella à la croisade les nobles du Nord sous prétexte de l’assassinat du légat Pierre de Castelnau par un officier de Raymond VI, comte de Toulouse. Ils s'y ruent à la suite de Simon de Montfort. Les massacres se multiplièrent. Le 22 juillet 1209 à lieu le massacre de Béziers. L’immense armée, conduite par Simon de Montfort pour réduire l’hérésie cathare, est devant la ville depuis la veille. Les croisés ont exigé de l’évêque Renaud de Montpeyroux que 222 bourgeois hérétiques leur soient livrés pour que la ville soit épargnée. La ville refuse ces conditions. En ce 22 juillet, quelques soldats catholiques parviennent à forcer une porte. Les chevaliers se précipitent dans la brèche. Le massacre commence dans la ville que, selon un témoin, Pierre des Vaux de Cernay “rien ne peut sauver, ni croix ni autel, pas un seul en soit réchappé”. Aux croisés qui s’inquiètent de ne pouvoir distinguer les hérétiques de ceux qui ne le sont pas, Arnaud Amaury, abbé de Cîteaux, crie : “Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens.” Il y a au soir 7 000 morts dans Béziers. Puis, de nouveau la tuerie de Pujols en 1213, et la bataille de Muret en 1213. Contre les musulmans almohades d'Espagne, la belle victoire de Las Navas de Tolosa, le 16 juillet 1212, ouvre la voie à l'intolérance.

Cette intervention du roi Louis VIII et le traité de Paris le 26 février 1229 mettra un terme aux troubles religieux du Languedoc par l’annexion au domaine royal des terres de Nîmes, Beaucaire, Béziers et Carcassonne. Le mariage d’Alphonse de Poitiers, frère du roi Louis IX, avec Jeanne, fille de Raymond de Toulouse, est décidé.

Après la chute de Montségur, la résistance cathare continue dans le Fenouillèdes, s'appuyant sur l'aérienne citadelle de Quéribus et sur quelques autres châteaux des Corbières, plus en retrait, les grandes places de Puylaurens et de Fenouillet épaulent la forteresse principale. L'ensemble constitue un groupement défensif des plus formidables à cette époque. Saint Louis ne négligera aucun effort pour s'en emparer. Quant aux derniers Cathares réfugiés dans ces places, on ne sait ce qu'ils sont devenus. Il est probable qu'ils ont eu la possibilité de s'enfuir avant l'arrivée des troupes royales.

le traité de Corbeil, conclu entre saint Louis et Jaime 1er, sanctionne l'état de fait imposé par la France avec la prise de possession des forteresses du Fenouillède. Les églises cathares du Languedoc ont probablement subsisté quelque temps, après la chute de leurs derniers points d'appui. Peut-être un petit nombre de personnes ont trouvé asile dans certains lieux fortifiés, le château d'Usson ou les spulgas du Sabarthès, par exemple. Mais il s'agit de cas isolés et de plus en plus rares. Beaucoup se retireront dans les lieux déserts, grottes, forêts, haute montagne. D’autres se cacheront chez des amis dévoués ou s’enfuirent en Italie. La plupart mourront peu à peu de misère et de privations, ou tomberont dans les griffes de l'Inquisition.

Pendant cette croisade fut conclu le 12 mars 1243 une trêve de 5 ans entre Louis IX et Henri III. Mais il faudra attendre Le 11 mai 1258 soit 15 ans plus tard, pour que le 2ème traité de Paris mette fin à la guerre et que le roi d’Angleterre reconnaisse être le vassal du roi de France pour ses possessions françaises que sont l’Anjou, la Normandie, la Touraine, le Maine et le Poitou.

Par le traité de Montreuil signé le 19 juin 1299, Philippe IV le Bel rend au roi d’Angleterre Édouard 1er la Guyenne mais conserve la ville de Bordeaux. Pour sceller leur accord, il lui offre d’épouser sa sœur Marguerite et promet le mariage de sa fille Isabelle de France avec celui qui sera le roi Édouard II.